一名平凡的高中生．隼人，某日放学与青梅竹马．香奈美一起回家，在途中，他遭遇到某个不可思议的事件后，就常常看见一名装扮奇特的女性幻影在眼前出现。身穿军服，威风凛凛的她，原来竟是一个待在隼人体内的微生命体，也是宇宙战舰的舰长。当体型极小的宇宙战士进入了隼人的体内后，他就变成了一艘全长两公尺的宇宙战舰！为了保护香奈美免于受到来自外太空的敌人所袭击，人体战舰．隼人将以小镇为舞台，毅然挺身而战！